Jonathan Harrington ist seit 2006 Inhaber des Lehrstuhls "Phonetik und Sprachverarbeitung". Ein Hauptthema seiner Forschung ist Lautwandel, zu dem er mehrere von der DFG geförderte Projekte (siehe abgeschlossene und aktuelle Projekte) und insgesamt drei ERC Advanced Grants eingeworben hat. 2012 etablierte er die Lautwandelgruppe.